Egyházunk keletkezéséről pontos adataink nincsenek. De hiteles adat van, hogy a helységnek már 1693-ban volt prédikátora Cseh Szombati István Úr személyében, és oratóriuma is. A prédikátor Alistálban lakott, hol itt, hol pedig Alistál prédikált, mert Alistál, Padány és Bögellő egy prédikátort tartott. 1681-ben a protestánsok a nemzetgyűlés elé tárták az elpusztított kálvinista egyházak jegyzékét, amelyek között Padány is szerepelt. A magyarországi kálvinisták helyzete kétségbeejtő volt. Nem csoda, ha ebben a helyzetben Padány lakossága is szenvedett, amely a református vallást már korábban gyakorolta, sőt a 18. század elején saját temploma volt, és az alistáli plébánia fíliájaként működött. 1731. december 5-én a "Canonica Resolutiora" hivatkozva a helytartói tanács rendeletet adott ki az alábbi utasítással: "... azokban a községekben, amelyek nem szerepelnek a nemzetgyűlés törvényeiben, ám amelyekben a protestánsok szabadon gyakorolják vallásukat, írassanak össze és a rend érdekében foglaltassanak el templomaik."
Pálffy János nádor utasítását az alispán hamarosan végrehajtotta. A kálvinisták elvesztették templomjukat, plébániájukat és annak egész vagyonát, lelkészüket pedig a hatalom elüldözte.
Plébánost hoztak Alistálba, a legrégibb anyakönyveket és feljegyzéseket elvitték, s azok ma is az alistáli plébánián vannak. A község véglegesen csak 56 év után 1787-ben szabadul meg a plébános zaklatásaitól.
Padány, amely a Rákóczi-felkelés idején Alistál fíliájaként kezdte egyházi életét, később önállósodott, de az említett intézkedés után elszegényedett eklézsia lett. A történtek a legkevésbé sem segítették a község további fejlődését.
Községünk egyházi életébe döntő változást a II. József által kiadott türelmi rendelet hozott, amely lehetővé tette a protestánsok számára a szabad vallás gyakorlást. Lakosain a törelmi rendelet alapján azonnal hozzáfogtak az eklezsia újjáélesztéséhez. Igaz, hogy még sok ellensége volt a szabadságnak, de 1784. március 14-én mégis hozzákezdhettek az isteni szolgálathoz. Számba veszik az atyák rejtegettett örökségét, klenódiumokat, (legértékesebb egy aranyos ezüst pohár 1693-ból), az aranyos virágú fehér, veres, zöld selyem keszkenők, kristálykorsó és egy 1719-ben öntetett harang. Azután megindul a hívek adakozása az épületek felállítására és az istentiszteleti kellékekre.
Kispadány, vagy Bögellő, affiliáltatott és együtt fognak először 1784-ben az iskola csinálásához, de már az év augusztusában a templom fundamentumát is leteszik. Egy év múlva áll az új paróchia is. 1787. július 17-én istendicsőségére felszentelik a ma is meglévő templomot. 1802-re építik hozzá a tornyot, melynek sisakja is téglából van. A régi harang mellé 1821-ben egy kisebbett öntenek.
Az anyakönyveket 1784-től vezették. Kilenc éven át latinul, azóta magyar nyelven. Ettől kezdve tizenkét megválasztott prédikátor váltja egymást: Vadász György, Kazay Bálint, Puskás István, Csenger Gergely, Laki István, Pápai Lajos, Patkó Sándor, Lénárth Lajos, Varga József, Szekeres László, Martsa Dániel, Csörgő Bertalan.
1962-től Ábrahám Kornél Alistáli lelkész végzi községünkben a lelkészi teendőket 1984-ig. 1984-ben Peres Imre lelkipásztor kerül a helyére, akit 1986-ban iktattak be a padány-bögellői gyülekezetbe. Peres Imre húsz éven keresztül végezte szolgálatát odaadoan gyülekezetünkben és a bögellői társegyházközségben. A helyi lelkész mellé 2001-ben segédlelkészi szolgálatra Varga Csillát helyezték. Mivel Peres Imre lelkipásztor a pozsonyi gyülekezet felkérésére elfogadta a pozsonyi egyházközségben megöresedett lelkésziállást, így 2003 novenber végével távozott gyülekezetünkből.
A Zsinati Tanács 2003. december elején hozott döntése érdemében helyettes lelkészként Varga Csillát nevezték ki.
A gyülekezetekben aktív élet folyik: heti rendszerességgel istentisztelet, bibliaórák, gyermekistentisztelet, kátéorkatás, iskolai hitoktatás, család, beteg és kórházlátogatás. Mindezek mellett folyamatban van az új paróchia és gyülekezeti terem építése.